"Если человек решил жить по религии, и у него в конкретном случае есть конфликт между религиозным законом и совестью, то выбор не должен ИМХО быть сделан автоматически. "
Эта Ваша фраза противоречит предыдущей: "основывать мораль на вере".
Если мы "основываем мораль на вере", то не может быть "конфликта между религиозным законом и совестью".
"Совесть" - это потребность действовать в соответствии с моралью.
С тем, что человек считает "правильным". Выбрав веру, он автоматически должен "начать считать правильным" то, чему учит конкретная его конфессия.

Признание "возможности конфликта" означает именно "существование совести", происходящей из какого-то иного источника, нежели религия.

"Мишна Брура (= Хафец Хаим) жалуется, что самые Богобоязненные врачи не отказываю во врачебной помощи, кому надо отказать."

Дык жалуется или одобряет ?
А что значит "надо отказать" ?
"По морали" или "по религии" ?

Отдельный вопрос: "Мишна Брура" переведена на русский ? Очень хотелось бы прочесть.

Есть понятие о неопределённых трудно формализуемых ситуациях
Вы уже признали историю с Пинхасом "неопределенной трудно формализуемой ситуацией". Это радует. До этого Вы утверждали, что ситуация относится исключительно к временам "когда сам Бог находится в стане".